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Bioinformatique génomique et structurale [3BIO - Genomic and structural bioinformatics] (3BIO-BioInfo)
Faculté des Sciences appliquées - école polytechnique / Brussels School of Engineering (Faculty of Applied Sciences) - Chimie et Science des matériaux (unité ULB627)

Développement et utilisation d'outils bioinformatiques dans le but de rationaliser et de comprendre la structure, la stabilité, la dynamique, les interactions et la fonction des macromolécules biologiques (protéines et ADN). Modélisation dynamique des réseaux d'expression de gènes. [Development and use of bioinformatics tools in order to rationalize and understand the structure, the stability, the dynamics, the interactions and the function of biological macromolecules (proteins and DNA). Dynamic modeling of gene expression networks.]



coordonnées / contact details


Bioinformatique génomique et structurale [3BIO - Genomic and structural bioinformatics]
tel +32-2-650.20.67 / 36.15, fax +32-2-650.35.75, mrooman@ulb.ac.be, dgilis@ulb.ac.be
http://babylone.ulb.ac.be
Campus du Solbosch, Bâtiment U, Porte D, Niveau 3
CP165/61, avenue F.D. Roosevelt 50, 1050 Bruxelles

Pour en savoir plus, consultez le site web de l'unité.



responsables / head


Prof. Marianne ROOMAN Prof. Dimitri GILIS


composition / members


Jaroslav ALBERT Giorgos DALKAS Marie DE LAET Jean Marc KWASIGROCH Fabrizio PUCCI Fabian TEHEUX


projets / projects


Lien entre séquence, structure et stabilité des protéines [Protein sequence-structure-stability relationships]
Prédiction de la structure, la stabilité thermodynamique, la stabilité thermique et la solubilité des protéines à partir de leur séquence en acides aminés. Conception rationnelle de protéines modifiées. [Prediction of the structure, thermodynamic stability, thermal stability and solubility of proteins from their amino acid sequence, using statistical potentials. Rational design of modified proteins. ]

Conformations alternatives des protéines [Alternative conformations in proteins]
Etudes des caractéristiques de séquence et de structure des protéines formant des structures alternatives, par exemple dans le cas d'échanges de domaines 3D et des maladies conformationnelles. [Study of the sequence and structure characteristics of proteins that adopt alternative conformations, par example in the case of 3D domain swapping and conformational diseases.]

Etude des interactions non-covalentes dans les biomolécules [Study of non covalent interactions in biomolecules]
Etude des interactions de type cation-pi, amino-pi et pi-pi par analyse structurale et calculs de chimie quantique dans les protéines et à l'interface entre protéine et ADN ou entre protéine et ligands. [Structural analyses and quantum chemistry calculations of cation-pi, amino-pi, and pi-pi interactions in proteins and at the interface between protein and DNA or ligands.]

Interactions protéine-protéine, protéine-ADN et protéine-ligand [Protein-protein, protein-DNA and protein-ligand interactions]
Etude de complexes supramoléculaires et conception rationnelle de ligands via des analyses structurales, des approches de chimie quantique et logiciels et des techniques d'amarrage. Etude in silico de la migration de charges dans l'ADN. [Study of supramolecular complexes and rational ligand design via structural analyses, quantum chemistry approaches and docking techniques. In silico study of charge migration in DNA.]

Modélisation dynamique de l'expression des gènes [Dynamic modeling of gene expression]
Analyse de données issues de biopuces et construction de modèles dynamiques sous forme d'équations différentielles, mimant l'évolution temporelle de l'expression des gènes. [Analysis of microarray data and construction of dynamical models using differential equations, mimicking the temporal evolution of gene expression. ]

Origine de la vie: peptides prébiotiques [Origin of life: prebiotic peptides]
Recherche du lien manquant entre les acides aminés et les premières protéines à partir de données sur les protéines actuelles. [Search for the missing link between amino acids and the first proteins using data about present-day proteins.]



publications





theses


Modélisation de l'évolution temporelle de l'expression des gènes sur la base de données de puces à ADN. Application à la drosophile, Alexandre Haye, 2011

Etude bioinformatique de la stabilité thermique des protéines : conception de potentiels statistiques dépendant de la température et développement d'approches prédictives, Benjamin Folch, 2010

Développement de potentiels statistiques pour l'étude in silico de protéines et analyse de structurations alternatives, Yves Dehouck, 2005



collaborations


Prof. Harry Buhrman & Peter van der Gulik, Universiteit of Amsterdam, Centrum Wiskunde & Informatica, Amsterdam, Pays-Bas

Prof. Christophe Biot, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Lille, Unité de Catalyse et Chimie du Solide, Villeneuve d'Ascq, France

Prof. Dirk Tourwé, Vrije Universiteit Brussel, Laboratory of Organic Chemistry, Bruxelles, Belgique

Prof. Stephen P. Bottomley, Monash University, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Clayton, Australie

Dr. Anton Chugunov & Prof. Roman Efremov, M.M. Shemyakin & Yu.A. Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Laboratory of Biomolecular Modeling, Moscou, RUSSIE (FED. DE)

Prof. F. Halouane, Département de Biologie, Boumerdès, Algérie

Prof. R. Sepulchre, Université de Liège, Systems and Control, Liège, Belgique

Prof. A. Vande Wouwer, Faculté Polytechnique de Mons, Service d'Automatique, Mons, Belgique



prix / awards


Prix de la Société Royale de Chimie (mémoire, 1994) - Dimitri GILIS



savoir-faire/équipements / know-how, equipment


Matériel informatique destiné à la recherche : 11 stations de travail Linux, 7 calculateurs bi-processeurs, un serveur. Salle informatique destinée à l'enseignement : 7 stations de travail.



mots clés pour non-spécialistes / keywords for non-specialists


bioinformatique structurale modélisation des systèmes modélisation moléculaire


disciplines et mots clés / disciplines and keywords


Biophysique

analyse structurale chimie quantique conception rationnelle docking echanges de domaines 3d expression des gènes interaction cation-pi maladies conformationnelles migration de charges dans l'adn origine de la vie potentiels statistiques puces à adn


codes technologiques DGTRE


Bio-informatique, informatique médicale, biométrie Biophysique moléculaire Biotechnologie