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Digital Image Analysis in Pathology [Digital Image Analysis in Pathology] (DIAPATH)
Instituts et centres de recherche - Liste des Centres (unité ULB723)

DIAPATH est une unité de recherche transdisciplinaire et interfacultaire (Facultés de Médecine et des Faculté des Sciences Appliquées) intégrée au nouveau ''Center for Microscopy and Molecular Imaging'' (CMMI, Biopark de Gosselies). DIAPATH développe une approche intégrée pour l'identification, la caractérisation et la validation de biomarqueurs protéiques au sein de tissus humains et animaux. Cette approche fait appel aux techniques histologiques et immunohistochimiques, l'analyse d'images, les biostatistiques, l'analyse de données multivariées et le ''data mining''. L'immunohistochimie (IHC) a l'avantage de préserver l'aspect morphologique du tissu analysé, et ainsi la localisation de l'antigène ciblé au niveau histologique et cellulaire. Par le traitement simultané de milliers d'échantillons, la technologie de TMA apporte une standardisation accrue de l'IHC pour le screening de l'expression de protéines et offre un outil de choix pour la validation de biomarqueurs dans le cadre d'études précliniques et cliniques. La technique de ''cell-block'' permet d'appliquer la même méthodologie à la caractérisation de lignées cellulaires. DIAPATH dispose notamment d'un scanner de lames qui permet l'archivage d'images de lames complètes, la réalisation de lame virtuelle ainsi qu'une caractérisation objective et quantitative des immunomarquages par analyse d'images. Des techniques spécifiques d'analyse sont développées afin de mieux rendre compte de l'hétérogénéité des marquages IHC par l'extraction de descripteurs originaux. Des bases de données sont ensuite constituées sur de grandes séries d'échantillons, intégrant les données biologiques et les données anatomocliniques et/ou pharmaceutiques, suivant le contexte de chaque étude. Ces données sont ensuite soumises à des méthodes modernes d'analyse de données multivariées. L'objectif général est d'extraire, d'une part, des informations utiles à la compréhension de processus pathologiques et de réponses thérapeutiques, et, d'autre part, d'identifier et de valider de nouveaux biomarqueurs utiles à la démarche diagnostique, pronostique et thérapeutique. [DIAPATH is a multidisciplinary and inter-faculty unit (Faculties of Medicine and Applied Sciences) included in the new Center for Microscopy and Molecular Imaging (CMMI, Biopark of Gosselies). DIAPATH develops an integrated approach for the identification, characterization and validation of protein biomarkers in human and animal tissue samples. The methodology involves histological and immunohistochemical techniques as well as image analysis, biostatistics, multivariate data analysis and data mining. Immunohistochemistry (IHC) has the advantage to preserve tissue morphology and thus antigen location at histological and cell levels. By simultaneously processing thousands of samples, the TMA technology allows standardized screening of protein expression using IHC and thus provides a very efficient way for biomarker validation in preclinical and clinical studies. The ''cell-block'' technique allows the study of cell lines with the same methodology. The unit has also a slide scanner for complete slide imaging and archiving, as well as virtual slide making. This enables objective and quantitative immunostaining characterization using image analysis. Specific techniques are developed to efficiently describe staining heterogeneity by means of original features. Databases are then set up on large sample series by merging biological and clinical and/or pharmaceutical data, depending of the study context. These data are then submitted to modern methods of multivariate data analysis. The general aim is to extract information useful in understanding pathological processes and therapy responses, as well as to identify and to validate new biomarkers beneficial for diagnostic, prognostic and therapeutic procedures.]



coordonnées


Digital Image Analysis in Pathology [Digital Image Analysis in Pathology]
tel +32-2-555.31.15 / 650.22.95 / 97.89, fax +32-2-555.47.90 / 650.22.98, isabelle.salmon@erasme.ulb.ac.be, cdecaes@ulb.ac.be
http://www.cmmi.be/en/page-27/DIAPATH/
CMMI - Center for Microscopy and Molecular Imaging

Pour en savoir plus, consultez le site web de l'unité.



responsables


Prof. Isabelle SALMON Prof. Christine DECAESTECKER


composition


Nicky D'HAENE Olivier DEBEIR Lionel LARBANOIX Dionysios LEFKADITIS Calliope MARIS Xavier MOLES LOPEZ Sébastien SAUVAGE


projets


Extraction de nouveaux descripteurs de marquages immunohistochimiques par analyse d'images [Extraction of new immunostain descriptors by means of image analysis]
Dévelopement d'outils d'analyse d'images pour l'extraction de nouveaux descripteurs dans le but de décrire la topologie des immunomarquages (organisation et distribution spatiale) ainsi que la colocalisation de plusieurs marquages réalisés sur des coupes sériées. [Development of image analysis tools for extracting new features characterizing immunostain topology (i.e. spatial distribution and organization) as well as immunostain colocalization on serial slides. ]

Recherche de nouveaux biomarqueurs dans les gliomes [Identification of new glioma biomarkers]
Caractérisation de l'expression des membres majeurs de la famille des galectines et du systèmes des IGF par immunohistochimique et analyse d'images sur de grandes series de gliomes et corrélation aux données cliniques. [Assessing the expression of the major components of the galectin family and the IGF system on large series of human glioma samples and correlating them with the clinical data]

Implications des galectines 1 et 3 dans l'angiogenèse des lymphomes [Involvement of galectin-1 and -3 in lymphoma angiogenesis]
Analyse de l'expression des galectines 1 et 3 ainsi que des acteurs d'angiogenèses dans les lymphomes dans le but d'évaluer leurs valeurs diagnostique et pronostique. [Analysis of galectin-1 and -3 expression in lymphomas as well as angiogenesis actors in lymphomas aiming to evaluate their diagnostic and prognostic values.]

Recherche de nouveaux biomarqueurs dans le cancer du colon [Identification of new biomarkers in colonic cancers]
Analyse de la valeur pronostique d'acteurs impliqués dans la réponse immune dans les cancers colorectaux. [Analysis of prognostic value of actors involved in immune tumor response in colorectal cancer]



theses


Nicky D'Haene (Faculté de Médecine): ''Implication des galectines-1 et -3 dans l'angiogenese et en particulier en ce qui concerne les lymphomes'', 2011

Sandrine Rorive (Faculté de Médecine): ''Les astrocytomes de bas-grade: Caractérisation moléculaire et implications cliniques'', 2009



collaborations


CHU Brugmann, Bruxelles, Belgique

VUB, Bruxelles, Belgique

Institut Bordet, Bruxelles, Belgique

UCL - Hôpital St Luc, Bruxelles, Belgique

UZ Gent, Gent, Belgique

UZ Antwerpen, Antwerpen, Belgique

ULG - CHU de Liège, Liège, Belgique

Prof. M. Saerens, UCL, Information Systems Research Unit, ISYS/IAG, Louvain-la-Neuve, Belgique

Pr. D. Figarella-Branger, C.H.U. Marseille, Marseille, France

Pr. P. Hofman, C.H.U. Nice, Nice, France

Pr. HJ. Gabius, Institute für Physiologische Chemie, München, ALLEMAGNE (REP.FED.)

Pr. Ivan Bièche, Université Paris V, Laboratoire de génétique moléculaire, Paris, France

Dr. MB. Lopes, University of Virginia Health Sciences Center, Division of Neuropathology, Charlottesville, Etats-Unis (USA)

Pr. S. Saussez, UMons, Laboratoire d'anatomie et de biologie cellulaire, Mons, Belgique

Dr. L. Baum, University of California (UCLA), Cellular and Molecular Pathology, Los Angeles, Etats-Unis (USA)

Prof. Marc Acheroy, Royal Military Academy, Signal and Image Center, Bruxelles, Belgique



prix


Présidence de la Société Belge d'Anatomie Pathologique (SBAP) et de la Belgian Week of Pathology (BWP).Représentation Belge au bureau de la ''British Division of the International Academy of Pathology'' (BDIAP).Représentation belge dans le comité ''Undergraduate training'' de l'''European Association of Pathology Chairs and Program Directors'' (EAPCP). - Isabelle SALMON

Prix de la Société Belge d'Anatomie Pathologique (2005 et 2009) - Nicky D'HAENE Calliope MARIS

Prix de l'Hôpital Académique Erasme et Médaille de l'Université libre de Bruxelles - Calliope MARIS

Troisième prix de la « CGF Cover Competition 2008 » (Computer Graphics Forum) - Olivier DEBEIR



savoir-faire/équipements


Automate d'immunohistochimie

Automate de réalisation de TMA (tissue microaaray)

Equipement informatique (matériel et logiciel) pour l'analyse d'images et de données

Scanner de lames histologiques

Une unité complète de culture cellulaire

Une unité complète pour la préparation et l'archivage de tissus (inclusion en paraffine), ainsi que la réalisation de lames histologiques

Analyse d'images histologiques et cellulaires

Analyse de données biomédicales

Analyse et validation de modèles animaux

Analyse macroscopique et microscopique de tissus sains ou pathologiques, humains et animaux

Colorations spéciales et immunohistochimie

Conception et réalisation de TMA (tissue microarray)

Numérisation de lames histologiques complètes

Screening de protéines



mots clés compréhensibles déclarés


analyse d'image analyse de données biomarqueur histologie immunohistochimie


disciplines et mots clés déclarés


Anatomopathologie Cancérologie Informatique générale Informatique médicale Ingénierie biomédicale

analyse d'image angiogenèse biomarqueur cancérologie cible thérapeutique extraction de descripteurs galectines galectines gliome igf (insulin growth factors) immunohistochimie lymphome pronostic réponse tumorale immune system digestif


codes technologiques DGTRE


Bio-informatique, informatique médicale, biométrie Cancérologie, oncologie Histologie, cytochimie, histochimie, culture de tissus Pathologie générale, anatomopathologie Techniques d'imagerie et traitement d'images