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Digital Image Analysis in Pathology [Digital Image Analysis in Pathology] (DIAPATH)
Instituts et centres de recherche - Liste des Centres (unité ULB723)

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DIAPATH est une unité de recherche transdisciplinaire et interfacultaire (Facultés de Médecine et des Faculté des Sciences Appliquées) intégrée au nouveau ''Center for Microscopy and Molecular Imaging'' (CMMI, Biopark de Gosselies). DIAPATH développe une approche intégrée pour l'identification, la caractérisation et la validation de biomarqueurs protéiques au sein de tissus humains et animaux. Cette approche fait appel aux techniques histologiques et immunohistochimiques, l'analyse d'images, les biostatistiques, l'analyse de données multivariées et le ''data mining''. L'immunohistochimie (IHC) a l'avantage de préserver l'aspect morphologique du tissu analysé, et ainsi la localisation de l'antigène ciblé au niveau histologique et cellulaire. Par le traitement simultané de milliers d'échantillons, la technologie de TMA apporte une standardisation accrue de l'IHC pour le screening de l'expression de protéines et offre un outil de choix pour la validation de biomarqueurs dans le cadre d'études précliniques et cliniques. La technique de ''cell-block'' permet d'appliquer la même méthodologie à la caractérisation de lignées cellulaires. DIAPATH dispose notamment d'un scanner de lames qui permet l'archivage d'images de lames complètes, la réalisation de lame virtuelle ainsi qu'une caractérisation objective et quantitative des immunomarquages par analyse d'images. Des techniques spécifiques d'analyse sont développées afin de mieux rendre compte de l'hétérogénéité des marquages IHC par l'extraction de descripteurs originaux. Des bases de données sont ensuite constituées sur de grandes séries d'échantillons, intégrant les données biologiques et les données anatomocliniques et/ou pharmaceutiques, suivant le contexte de chaque étude. Ces données sont ensuite soumises à des méthodes modernes d'analyse de données multivariées. L'objectif général est d'extraire, d'une part, des informations utiles à la compréhension de processus pathologiques et de réponses thérapeutiques, et, d'autre part, d'identifier et de valider de nouveaux biomarqueurs utiles à la démarche diagnostique, pronostique et thérapeutique. [DIAPATH is a multidisciplinary and inter-faculty unit (Faculties of Medicine and Applied Sciences) included in the new Center for Microscopy and Molecular Imaging (CMMI, Biopark of Gosselies). DIAPATH develops an integrated approach for the identification, characterization and validation of protein biomarkers in human and animal tissue samples. The methodology involves histological and immunohistochemical techniques as well as image analysis, biostatistics, multivariate data analysis and data mining. Immunohistochemistry (IHC) has the advantage to preserve tissue morphology and thus antigen location at histological and cell levels. By simultaneously processing thousands of samples, the TMA technology allows standardized screening of protein expression using IHC and thus provides a very efficient way for biomarker validation in preclinical and clinical studies. The ''cell-block'' technique allows the study of cell lines with the same methodology. The unit has also a slide scanner for complete slide imaging and archiving, as well as virtual slide making. This enables objective and quantitative immunostaining characterization using image analysis. Specific techniques are developed to efficiently describe staining heterogeneity by means of original features. Databases are then set up on large sample series by merging biological and clinical and/or pharmaceutical data, depending of the study context. These data are then submitted to modern methods of multivariate data analysis. The general aim is to extract information useful in understanding pathological processes and therapy responses, as well as to identify and to validate new biomarkers beneficial for diagnostic, prognostic and therapeutic procedures.]
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coordonnées

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responsables

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Prof. Isabelle SALMON Prof. Christine DECAESTECKER

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composition

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Nicky D'HAENE Olivier DEBEIR Lionel LARBANOIX Dionysios LEFKADITIS Calliope MARIS Xavier MOLES LOPEZ Sébastien SAUVAGE

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projets

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theses

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Nicky D'Haene (Faculté de Médecine): ''Implication des galectines-1 et -3 dans l'angiogenese et en particulier en ce qui concerne les lymphomes'', 2011
Sandrine Rorive (Faculté de Médecine): ''Les astrocytomes de bas-grade: Caractérisation moléculaire et implications cliniques'', 2009

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collaborations

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CHU Brugmann, Bruxelles, Belgique
VUB, Bruxelles, Belgique
Institut Bordet, Bruxelles, Belgique
UCL - Hôpital St Luc, Bruxelles, Belgique
UZ Gent, Gent, Belgique
UZ Antwerpen, Antwerpen, Belgique
ULG - CHU de Liège, Liège, Belgique
Prof. M. Saerens, UCL, Information Systems Research Unit, ISYS/IAG, Louvain-la-Neuve, Belgique
Pr. D. Figarella-Branger, C.H.U. Marseille, Marseille, France
Pr. P. Hofman, C.H.U. Nice, Nice, France
Pr. HJ. Gabius, Institute für Physiologische Chemie, München, ALLEMAGNE (REP.FED.)
Pr. Ivan Bièche, Université Paris V, Laboratoire de génétique moléculaire, Paris, France
Dr. MB. Lopes, University of Virginia Health Sciences Center, Division of Neuropathology, Charlottesville, Etats-Unis (USA)
Pr. S. Saussez, UMons, Laboratoire d'anatomie et de biologie cellulaire, Mons, Belgique
Dr. L. Baum, University of California (UCLA), Cellular and Molecular Pathology, Los Angeles, Etats-Unis (USA)
Prof. Marc Acheroy, Royal Military Academy, Signal and Image Center, Bruxelles, Belgique

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prix

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Présidence de la Société Belge d'Anatomie Pathologique (SBAP) et de la Belgian Week of Pathology (BWP).Représentation Belge au bureau de la ''British Division of the International Academy of Pathology'' (BDIAP).Représentation belge dans le comité ''Undergraduate training'' de l'''European Association of Pathology Chairs and Program Directors'' (EAPCP). - Isabelle SALMON
Prix de la Société Belge d'Anatomie Pathologique (2005 et 2009) - Nicky D'HAENE Calliope MARIS
Prix de l'Hôpital Académique Erasme et Médaille de l'Université libre de Bruxelles - Calliope MARIS
Troisième prix de la « CGF Cover Competition 2008 » (Computer Graphics Forum) - Olivier DEBEIR

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savoir-faire/équipements

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Automate d'immunohistochimie
 Automate de réalisation de TMA (tissue microaaray)
 Equipement informatique (matériel et logiciel) pour l'analyse d'images et de données
 Scanner de lames histologiques
 Une unité complète de culture cellulaire
 Une unité complète pour la préparation et l'archivage de tissus (inclusion en paraffine), ainsi que la réalisation de lames histologiques
 Analyse d'images histologiques et cellulaires
 Analyse de données biomédicales
 Analyse et validation de modèles animaux
 Analyse macroscopique et microscopique de tissus sains ou pathologiques, humains et animaux
 Colorations spéciales et immunohistochimie
 Conception et réalisation de TMA (tissue microarray)
 Numérisation de lames histologiques complètes
 Screening de protéines

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mots clés compréhensibles déclarés

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analyse d'image analyse de données biomarqueur histologie immunohistochimie

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disciplines et mots clés déclarés

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Anatomopathologie Cancérologie Informatique générale Informatique médicale Ingénierie biomédicale
analyse d'image angiogenèse biomarqueur cancérologie cible thérapeutique extraction de descripteurs galectines galectines gliome igf (insulin growth factors) immunohistochimie lymphome pronostic réponse tumorale immune system digestif

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codes technologiques DGTRE

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Bio-informatique, informatique médicale, biométrie Cancérologie, oncologie Histologie, cytochimie, histochimie, culture de tissus Pathologie générale, anatomopathologie Techniques d'imagerie et traitement d'images

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