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Bioinformatique des génomes et des réseaux (anciennement Service de conformation des macromolécules biologique et de bioinformatique) [Genome and Network Bioinformatics (previously: Service of Conformation of Biological Macromolecules and Bioinformatics)] (BiGRe)
Faculté des Sciences / faculty of Sciences - Biologie moléculaire (unité ULB141)

Le Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux développe et applique des méthodes informatiques pour l'analyse des génomes, et des réseaux d'interactions moléculaires. Nos activités principales sont les suivantes: Classification et analyse des éléments génétiques mobiles (http://aclame.ulb.ac.be/); analyse des séquences régulatrices (http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/rsat/); inférence de voies métaboliques à partir de données génomiques; analyse des réseaux d'interactions moléculaires (http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/neat/), analyse des structures des protéines et évaluation des prédictions d'interactions entre protéines (CAPRI). [The Laboratory of Network and Genome Bioinformatics is dedicated to the development and application of computer methods for the analysis of genomes, networks of molecular interactions. The main activities are: classification and analysis of Mobile Genetic Elements (http://aclame.ulb.ac.be/); analysis of regulatory sequences (http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/rsat/); inference of metabolic pathways; analysis of networks of molecular interactions (http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/neat/), analysis of protein structures and assessment of predictions of protein interactions (CAPRI).]



coordonnées / contact details


Bioinformatique des génomes et des réseaux (anciennement Service de conformation des macromolécules biologique et de bioinformatique) [Genome and Network Bioinformatics (previously: Service of Conformation of Biological Macromolecules and Bioinformatics)]
tel +32-2-650.20.13, fax +32-2-650.54.25, jvanheld@bigre.ulb.ac.be
http://www.bigre.ulb.ac.be
Campus de la Plaine, Bâtiment BC, C6
CP263, boulevard du Triomphe, 1050 Bruxelles

Pour en savoir plus, consultez le site web de l'unité.



responsable / head


Prof. Jacques VAN HELDEN


composition / members


Matthieu DEFRANCE Karoline FAUST Didier GONZE Marc LENSINK Raphaël LEPLAE Gipsi LIMA-MENDEZ Myriam LOUBRIAT Olivier SAND Nicolas SIMONIS Ariane TOUSSAINT jean Valéry TURATSINZE


projets / projects


Analyse des séquences régulatrices [Analysis of regulatory sequences]
Développement d'approches bioinformatiques pour la prédiction d'éléments de régulation à partir de séquences génomiques (http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/rsat/). [Development of bioinformatics approaches for the prediction of regulatory elements from genomic sequences (http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/rsat/).]

Analyse des éléments génétiques mobiles des procaryotes: http://aclame.ulb.ac.be [Analysis of prokaryotic mobile genetic elements: http://aclame.ulb.ac.be]
Développement d'une base de données pour l'étude in silico, de l'oganisation, de l'évolution, de la classification et la prédiction d'éléments génétiques mobiles de procaryotes (http://aclame.ulb.ac.be [Development of a database for the in silico study of the oganisation, evolution, classification and the prediction of prokaryotic mobile genetic elements (http://aclame.ulb.ac.be]

Analyse des réseaux d'interactions moléculaires [Analysis of molecular interaction networks]
Développement et application de méthodes d'analyse des graphes pour interpréter les données à haut débit concernant les réseaux d'interactions moléculaires. Nous nous intéressons aux réseaux d'interactions protéines-protéines (données doubles hybrides, ou de spectrométrie de masse), aux réseaux de régulation (obtenus à partir de données de biopuces ou inférés à partir de signaux cis-régulateurs), interactions protéines-ADN (données de ChIP-chip), voies métaboliques et de transduction de signal. [Development and applicatin of graph analysis methods for the interpretation of high-throughput data concerning networks of molecular interactions. We are focused on protein-protein interaction networks (two-hybrid + mass spectrometry data), regulatory networks (obtained from microarray data or inferred from cis-regulatory signals), protein-DNA interactions (ChIP-chip data), metabolic pathways and signal transduction pathways. ]

Inférence des voies métaboliques [Inference of metabolic pathways]
Nous développons des méthodes permettant d'inférer des voies métaboliques par recherche de chemins dans les réseaux réactionnels. Ces méthodes sont appliquées pour inférer des voies métaboliques à partir de groupes fonctionnellement liés (groupes de co-expression, opérons, profils phylogénétiques, ...). Ces méthodes sont également appliquées à l'analyse des voies de transduction de signal. [We developed methods to infer metabolic pathways using path finding algorithms in a reaction network. These methods are applied to infer metabolic pathways from groups of functionally related genes (co-expressed, operons, phylogenetic profiles, ...). More recently, we extended these methods to aply them to signal transduction pathways. ]

Analyse de l'énergie de repliement des protéines et prédiction de site fonctionels basé sur cet analyse. [Analysis of folding free energy of proteins and prediction of functional sites on the basis of this analysis.]
L'analyse de l'énergie de repliement des protéines nous apprend que les régions déstabilisantes dans les protéines sont souvent responsable pour (une partie de) la fonction de la protéine. Une méthode développé dans notre groupe permit d'identifier ces régions à partir des structures 3-dimensional des protéines. L'application de cette méthode aide dans l'identification de fonction des protéines sortantes de projets de génomique structurale. [An analysis of the folding free energy of proteins teaches us that so-called destabilising regions in a protein are often responsable for (a part of) the function of the protein. A method, developped in our group, lets us identify these regions on the basis of their three-dimensional structure. The application of the method helps in the identification of the function of proteins emerging out of structural genomics projets world-wide.]

Analyse de prédictions d'interactions protéine-protéine (CAPRI). [Critical Assessment of PRedicted Interactions (CAPRI).]
Quasiment chaque aspect de la biologie moléculaire est lié à l'interaction entre protéines. La prédictions de ces interactions au niveau atomique est à la base de ce projet. En collaboration avec le European Bioinformatics Institute (EBI) et l'université Paris-Sud nous participons au projet CAPRI, qui envisage d'améliorer ces prédictions en rassemblant les groupes mondiaux actifs dans ce domaine. [Virtually every aspect of molecular biology involves the interaction between proteins. Prediction of these interactions at atomic level lies at the basis of this project. In collaboration with the European Bioinformatics Institute (EBI) and the Université Paris-Sud we have a leading role in the CAPRI experiment, that aims at improving these prediction by bringing together groups all over the world that are active in the field of protein-protein interaction prediction.]

Interactions virus-hôte [Virus-host interactions]
Développement d'une base de données et d'outils informatiques pour l'analyse des interactions moléculaires hôte-virus. Focus sur les virus HIV et HTLV et les interactions protéine-protéine [Development of a database and computational tools for the analysis of virus-host molecular interactions. Primary focus on HIV and HTLV viruses and protein-protein interactions.]



publications





theses


Lima Méndez Gipsi ''Towards in silico detection and classification of prokaryotic mobile genetic elements''. Ariane Toussaint promotor, Jacques van Helden co-promotor., 2008

Thomas-Chollier, Morgane. Evolutionary study of the Hox gene family with matrix-based bioinformatics approaches, 2008

Brohée, Sylvain. Etude bioinformatique du réseau d'interactions entre protéines de transport chez les fungi, 2008

Janky, Rekin's.''Etude bioinformatique de l'évolution de la régulation transcriptionnelle chez les bactéries [ressource électronique] Autre titre: Bioinformatic study of the evolution of the transcriptional regulation. Jacques van Helden promoteur, 2007

Méndez Giráldez, Raúl. ''Critical assessment of predicted interactions at atomic resolution [ressource électronique]''. Jacques van Helden promoteur, 2007

Dessailly, Benoît H. ''Binding sites in protein structures : characterisation and relation with destabilising regions ''. Jacques van Helden, promoteur, Shoshasana Wodak, copromoteur, 2007

Croes, Didier ''Recherches de chemins dans le réseau métabolique et mesure de la distance métabolique entre enzymes''.Shasana Wodak promoteur, Jacques Van Helden copromoteur, 2006

A. Pajon ''Creation et analyse de Pescador, une base de données de peptides en solution et analyse de motifs structuraux de proteines et de leurs caractéristiques expérimentales'', 2002

I. Oliveira ''Packing and distribution of empty space in liquids, proteins and protein-DNA complexes'', 2002

V. Devloo ''Développement d'outils théoriques et logiciels pour la modélisation du réseau des processus cellulaires'', 2002

Cédric Govaerts (Co-supervision avec G. Vassart, ULB). "Etude des mécanismes d'activation de récepteurs couplés à la protéine G par modélisation moléculaire", 2001

Simonis, Nicolas. Analyse bioinformatique de la régulation transcriptionnelle des complexes protéiques chez la levure Saccharomyces cerevisiae., 2001

Wintjens, R. ''Etude des motifs de tournant dans les structures des protéines''. Dir. Prof. S.J. Wodak, UCMB, ULB, Bruxelles, 1997

Pontius, J. ''Atomic volumes in protein crystal structures and their use in structure validation'', Dir. Prof. S.J. Wodak, UCMB, ULB, Bruxelles, 1997

Gordon Beresford, R., Etude théorique des interactions barnase-oligoribonucléotide. Dir. Prof. S.J. Wodak, UCMB, ULB, Bruxelles, 1995

Kocher, J.-P., Prédiction de la structure tertiaire des protéines et des peptides é l'aide de potentiels effectifs dérivés de structures connues. Dir. Prof. S.J. Wodak, UCMB, ULB, Bruxelles, 1994

Cerf, C., Structure of the globular domain of histone H1 determined by nuclear magnetic resonance. Dir. Prof. S.J. Wodak, UCMB, ULB, Bruxelles, 1994

Van Belle, D., Computer studies of electronic polarization effects in biological systems. Dir. Prof. S.J. Wodak, UCMB, ULB, Bruxelles, 1992

Alard, P., Calculs de surface et d'énergie dans le domaine des macromolécules. Dir. Prof. S.J. Wodak, UCMB, ULB, Bruxelles, 1991



collaborations


Projet BioSapiens, VIth European Framework Networks of excellence, 31 laboratoires appartenant à 24 institutions de 15 pays européens, Hinxton (coordination), Grande-Bretagne

Projet EUROFUN, Projet STREP VIème programme-cadre Union Européenne, 8 partenaires, Bruxelles (SCMBB coordinateur), Belgique

COMBIO, Projet STREP VIème programme-cadre Union Européenne, Gottingen (coordinateur), ALLEMAGNE (REP.FED.)

Yves Deville, Université Catholique de Louvain, Informatique, Louvain-La-Neuve, Belgique

Catherine Vaquero, Université Paris VI - Jussieu Salpétrière, INSERM U511, Paris, France

Bruno André, Gianluca Bontempi et Marcelline Kaufmann, ULB (projet ARC), Bruxelles, Belgique

ESA-MISSEX, UCL, SCK-CEN, Technical University Berlin, Coordinator, J. Mahillon, UCL, Laboratory of Food & Environmental Microbiology, B-1348 Louvain-la-Neuve, Belgique

CAPRI, European Bioinformatics Institute, University of Toronto, Université Paris-Sud, Assessment of CAPRI predictions, Bruxelles, Belgique

Jean-Marie Ruysschaert et Michel Vandenbranden, Departement de Chimie, Structure et Fonction de Membranes Biologiques, Bruxelles, Belgique

GeneFun projet, 10 participants, Bruxelles (coordinateur), Bruxelles, Sweden, Germany, Canada,..., Belgique

Jean-Baptiste Demoulin, UCL - ICP, MEXP, Bruxelles, Belgique

Projet BioMaGNet, PAI Belgique, 6 services de 4 universités Belges (KUL, Univ Gent, ULB, ULg), Bruxelles, Liège, Leuven, Gent, Belgique

Collado-Vides, Julio, UNAM, Center for Genomic Sciences, Cuernavaca, Mexique

Thieffry, Denis, Université de la Méditerranée, TAGC - INSERM ERM 206, Marseille, France

Twizere, Jean-Claude, FUSAGx, Centre de Biologie Cellulaire et Moléculaire, Gembloux, Belgique

Babu, Madan, MRC, Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, Grande-Bretagne



prix / awards


Membre de l'EMBO (European Molecular Biology Organization) - Shoshana WODAK

Membre du conseil éditorial de l'EMBO Journal (1992-1994), du Journal of Computer-aided molecular design (1992-présent), de Gene-Combis (1995-présent), de Folding and Design (1996-présent) - Shoshana WODAK

Don IBM (1992)

Prix Solvay pour mémoire de licence - Shoshana WODAK



savoir-faire/équipements / know-how, equipment


Analyse des réseaux biologiques (http://rsat.bigre.ulb.ac.be/rsat/index_neat.html)

Analyse des séquences régulatrices (http://rsat.scmbb.ulb.ac.be/rsat/)

Analyse des éléments génétiques mobiles: (http://aclame.ulb.ac.be/)

L'Unité BiGRe est spécialisée dans le développement et l'application de méthodes informatiques pour l'analyse des données de biologie moléculaire (génomes, réseaux de régulation, réseaux d'interactions moléculaires, structures des macromolécules).



mots clés pour non-spécialistes / keywords for non-specialists


analyse des génomes analyse des séquences régulatrices bioinformatique réseaux moléculaires structures tridimensionnelles des macromolécules


disciplines et mots clés / disciplines and keywords


Biologie Biologie moléculaire Biologie théorique Chimie macromoléculaire Evolution des espèces Informatique générale Microbiologie et protistologie [bacteriol.,virolog.,mycolog.] Physique atomique et moléculaire Sciences de la matière vivante Statistique appliquée

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