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Etude par des outils bioinformatiques de modélisation et de simulation moléculaire de la structure, thermodynamique et dynamique de macromolécules biologiques. Etude de l'association de macromolécules biologiques entre elles ou avec de petites molécules. [Computer-assisted molecular modeling and simulations of the structure, thermodynamics and dynamics of biological macromolecules. Study of the association between biological macromolecules]

-Etude par modélisation moléculaire et simulations de la structure et de la dynamique des apolipoprotéines échangeables en absence et en présence de lipides. Modélisation de l'interaction de l'apolipoprotéine E avec les récepteurs de la famille des récepteurs LDL (low density lipoprotein). Rôle de l'apolipoprotéine E dans la maladie d'Alzheimer. Etude de l'interaction de l'apolipoprotéine E avec le peptide amyloïde bêta. - Certaines protéines membranaires (transporteurs ABC) développent une résistance aux médicaments en rejetant des agents pharmacologiques (agents anticancéreux, antibiotiques, ) vers le milieu extracellulaire. La connaissance de la structure tridimensionnelle à une résolution atomique de ces protéines est un préalable à l'étude de leur relation structure-dynamique-fonction et à la compréhension du mécanisme de rejet. Nous utilisons des méthodes prédictives de modélisation moléculaire pour construire un modèle tridimensionnel de ces protéines. Ces structures constitueront un point de départ pour la conception rationnelle d'inhibiteurs potentiels. - Computer-aided modeling and simulations of the structure and dynamics of exchangeable apolipoproteins in absence and presence of lipids. In silico modeling of the interaction between apolipoprotein E with LDL (low density lipoprotein) receptors. Role of apolipoprotein E in the onset of Alzheimer's disease. Simulations of the interaction between apolipoprotein E and the amyloid beta peptide, one of the major culprit in the disease. [- Some membrane proteins (ABC transporters) develop resistance to drugs by rejecting pharmacological agents (anticancer agents, antibiotics, ...) to the extracellular medium. A high resolution experimental 3D structure is a prerequisite to get a better insight into their structure-dynamics-function relationship. However obtaining an experimental structure is still remote due to the inherent difficulties in determining the structure of membrane proteins. We resort to computer modeling techniques to build a 3D structure of these proteins. This structure will be a starting point for the understanding of protein-substrate interactions and subsequently for the rational design of potential inhibitors]



responsable


Martine PREVOST


disciplines et mots clés déclarés


Biophysique Chimie macromoléculaire Conception assistée par ordinateur

bionformatique structurale dynamique moléculaire interactions protéine-lipide interactions protéine-protéine modélisation moléculaire assistée par ordinateur protéine membranaire structure des protéines