Lien entre séquence, structure et stabilité des protéines [Protein sequence-structure-stability relationships]
Prédiction de la structure, la stabilité thermodynamique, la stabilité thermique et la solubilité des protéines à partir de leur séquence en acides aminés. Conception rationnelle de protéines modifiées. [Prediction of the structure, thermodynamic stability, thermal stability and solubility of proteins from their amino acid sequence, using statistical potentials. Rational design of modified proteins. ]

Simulation du mécanisme de repliement des protéines [Simulation of the protein folding mechanism]
Etude du repliement des protéines in silico par des modèles utilisant une représentation simplifiée de la structure tertiaire de la macromolécule. Détection des noyaux de nucléation. [In silico study of protein folding, using simplified structure representations. Detection of folding nuclei.]

Conformations alternatives des protéines [Alternative conformations in proteins]
Etudes des caractéristiques de séquence et de structure des protéines formant des structures alternatives, par exemple dans le cas d'échanges de domaines 3D et des maladies conformationnelles. [Study of the sequence and structure characteristics of proteins that adopt alternative conformations, par example in the case of 3D domain swapping and conformational diseases.]

Etude des interactions non-covalentes dans les biomolécules [Study of non covalent interactions in biomolecules]
Etude des interactions de type cation-pi, amino-pi et pi-pi par analyse structurale et calculs de chimie quantique dans les protéines et à l'interface entre protéine et ADN ou entre protéine et ligands. [Structural analyses and quantum chemistry calculations of cation-pi, amino-pi, and pi-pi interactions in proteins and at the interface between protein and DNA or ligands.]

Interactions protéine-protéine, protéine-ADN et protéine-ligand [Protein-protein, protein-DNA and protein-ligand interactions]
Etude de complexes supramoléculaires et conception rationnelle de ligands via des analyses structurales, des approches de chimie quantique et logiciels et des techniques d'amarrage. Etude in silico de la migration de charges dans l'ADN. [Study of supramolecular complexes and rational ligand design via structural analyses, quantum chemistry approaches and docking techniques. In silico study of charge migration in DNA.]

First principles and black box modelling of biological systems, A. Grosfils,, 2007

Développement de potentiels statistiques pour l'étude in silico de protéines et analyse de structurations alternatives, Yves Dehouck, 2005