Introduction à la bioinformatique

INFO-F-208

 

Syllabus et projets

Part 1: Background Basics

1. The Nucleic Acid World

2. Protein Structure

3. Dealing with Databases


Part 2: Sequence Alignments

4. Producing and Analyzing Sequence Alignments

5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching

6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments


Part 3: Evolutionary Processes

7. Recovering Evolutionary History

8. Building Phylogenetic Trees


Part 4: Genome Characteristics

9. Revealing Genome Features

10. Gene Detection and Genome Annotation


Part 5: Secondary Structures

11. Obtaining Secondary Structure from Sequence

12. Predicting Secondary Structures


Site web: http://www.garlandscience.com/textbooks/0815340249.asp

Marketa Zvelebil, Jeremy O. Baum. Understanding Bioinformatics August 2007   Paperback: 978-0-8153-4024-9

  1. Description dans le programme des cours ULB

  2. Objectifs

  3. Résumé

  4. Staff

  5. Horaire

  6. Info Pratiques

  7. Contenu

  8. Syllabus et projets

  9. Exemple examen: examen-mai2010.pdf


Résumé

Staff

Titulaire:

    Tom Lenaerts, Bureau 2O8.117, tél 02 650 60 04, email: tlenaert@ulb.ac.be


Assistants:

    Charlotte Nachtegael, Bureau 2N8.213, email: Charlotte.Nachegael@ulb.ac.be 

Les diapos et les projets sont disponible sur Université Virtuelle de l’ULB


Prof. T. Lenaerts

2010-2018

Objectifs du cours

Étudier les méthodes informatiques qui étaient construites pour la résolution des question biologiques. Rendre les étudiants capables de comprendre les questions biologiques et les articles publiés sur ce sujet.  En outre, les étudiants devraient être capable d’expliquer et reproduire certaines algorithmes. L’objectif secondaire est d’augmenter l’intérêt des étudiants pour des sujets interdisciplinaires.

La matière renseignée se répartit sous 5 sujets principaux: (1) l’alignement des séquences par paires, (2) chercher des homologues dans des bases de données, (3) L’alignement de multiple séquences et la détections des motifs, (4) la construction des arbres phylogénétiques, et (5)  la prédiction de la structure secondaire.

Horaire

Cours Théorique (2 ECTS, Campus de la Plaine): P.OF.2072 (18/9) et Forum H pour les autres sessions.

  1. Les Lundi de 10h30 à 12h30 (à partir de 18 Septembre 2017)


Portfolio (1+2 ECTS, Campus de la Plaine): 4.NO.008

  1. Les vendredis de 10h à 12h


Liste de Sessions (provisoire)

INFO Pratiques

La note pour ce cours est une combinaison des résultats obtenus pour votre portfolio d’exercices et l’examen écrit. Le portfolio de projets compte pour 50% des points et l’examen écrit pour le reste.

Contenu