Cancer du sein : implication des ARNs noncodants

Lundi l 19-09-2016

Le cancer du sein reste un problème majeur de santé publique, avec plus d'1.6 millions de nouveaux cas diagnostiqués chaque année. Il existe des thérapies adaptées aux différents sous-types de ce cancer, mais leur efficacité varie considérablement d'une patiente à l'autre. Une meilleure compréhension des caractéristiques moléculaires du cancer du sein est donc nécessaire pour améliorer et personnaliser ces traitements.

C'est dans ce contexte que des chercheurs du Laboratoire d'épigénétique du cancer (Faculté de Médecine, ULB-Cancer Research Center), dirigé par le Pr. François Fuks, ont mené une nouvelle étude, publiée début septembre dans la revue scientifique Science Advances. En collaboration avec l'équipe du Pr. Sotiriou (Institut Bordet) et le groupe de bio-informaticiens du Pr. Bontempi ((IB)2, Faculté des Sciences). ils ont identifié 215 longs ARNs noncodants exprimés de manière aberrante dans des tumeurs mammaires. En particulier l'équipe du Pr. Gianluca Bontempi (Machine Learning Group, Department d'Informatique, Faculté des Sciences, Institut Interuniversitaire de Bioinformatique (IB)²) a utilisé et développé des approches statistiques innovantes (apprentissage automatique supervisé et non supervisé) pour caractériser l' hétérogénéité du cancer du sein, identifier les lncRNA déréglés et évaluer leur potentiel en tant que marqueurs pronostics. Les competences bioinformatiques du (IB)² ont également été essentielles pour associer les lncRNA à des propriétés biologiques très souvent méconnues et à des voies de signalisation altérées dans le cancer du sein.

En démontrant l'importance biologique des lncRNAs dans le développement des tumeurs mammaires, cette découverte laisse entrevoir la mise en lumière de nouveaux mécanismes par lesquels ces ARNs particuliers, qui ne codent pas des protéines, contribuent au processus de cancérogénèse.

Portraying breast cancers with long noncoding RNAs
par
Van Grembergen, Olivier ; Bizet, Martin ; De Bony De Lavergne, Eric James ; Calonne, Emilie ; Putmans, Pascale ; Brohée, Sylvain ; Olsen, Catharina ; Guo, Mingzhou M.; Bontempi, Gianluca ; Sotiriou, Christos ; Defrance, Matthieu ; Fuks, François
Référence Science advances, 2, 9, e1600220

Nouveaux cheveux pour les trous noirs

Lundi l 29-08-2016

Dans le cadre de son ERC, Geoffrey Compère – service de Physique théorique et mathématique – apporte de nouveaux concepts pour mieux comprendre les trous noirs et le vide. Une histoire de cheveux et d'équations...

Les trous noirs n'ont pas de cheveux ! La citation est familière des (astro)physiciens qui connaissent le théorème de calvitie selon lequel les trous noirs stationaires ne seraient définis que par trois paramètres : leur masse, la charge électrique et le moment cinétique. Ce qui, bien sûr, limiterait fortement notre description de ces trous noirs...

Geoffrey Compère,en collaboration avec Jiang Long - service de Physique théorique et mathématique, Faculté des Sciences - vient toutefois d'ajouter quelques « cheveux » à nos trous noirs : il apporte de nouveaux outils pour décrire les trous noirs et même le vide.

Et pour ce faire, le chercheur s'appuie sur la symétrie BMS découverte dans les années '60. Etudiée de longue date à l'ULB – Geoffrey Compère y a consacré une partie de sa thèse de doctorat sous la supervision de Glenn Barnich qui y a dédié une partie de sa carrière -, la symétrie BMS est aussi au cœur de récents travaux de Stephen Hawking : quand un trou noir se forme, l'information de ce qu'il y avait avant lui semble disparaître, « engloutie » dans le trou noir. Or, cette disparition est contraire à la mécanique quantique qui stipule que l'information décrivant un système physique est toujours conservée. Selon Hawking et ses collaborateurs, des informations supplémentaires viendraient de la symétrie BMS, symétrie fondamentale de la gravité.

Dans la continuité de ces travaux, Geoffrey Compère a mis au point un modèle de l'effet mémoire dû à la symétrie BMS. Chaque trou noir possèderait des charges conservées additionnelles, dites superrotations, qui encoderaient l'état de brisure de la symétrie BMS autour du trou noir. Le chercheur, lauréat d'un prestigieux « starting grant » du Conseil européen de la recherche, permet ainsi, grâce à la symétrie BMS, de décrire de nouvelles propriétés de la structure du vide de la relativité générale d'Einstein et de proposer une nouvelle solution de trou noir qui encoderait une mémoire de sa formation.

Cette recherche est présentée et synthétisée en trois articles parus ou à paraître prochainement dans Journal of High Energy Physics, Classical and Quantum Gravity et International Journal of Modern Physics (version plus littéraire où le chercheur s'est limité à quatre équations...). Tous les articles sont accessibles en libre accès sur l'archive arXiv.org.

Zic2 et le développement embryonnaire

Lundi l 29-08-2016

Le développement d'un embryon est une manœuvre de précision: si un seul acteur ou un élément est défaillant, des malformations et/ou maladies peuvent en résulter. C'est notamment le cas pour l'holoprosencephalie (HPE), une fusion des deux lobes du cerveau antérieur qui entraîne des malformations ainsi qu'un retard intellectuel et une durée de vie réduite.

Les gènes ZIC (zinc finger of the cerebellum) sont suspectés d'être impliqués dans le développement de cette maladie : la mutation du gène Zic2 est en effet associée à l'HPE chez l'homme et la souris. Dans une étude publiée dans Human Molecular Genetics, l'équipe de Jacob Souopgui (Laboratoire d'Embryologie et Biotechnologie, Faculté des Sciences, Biopark) vient éclairer le rôle de ce gène.

En collaboration avec des collègues de la KUL et de l'Université Nationale d'Australie, les chercheurs ont réalisé des travaux in vitro et in vivo, aux niveaux génétiques et biochimiques, sur différents systèmes modèles. Leur étude suggère que Zic2 serait un modulateur de la voie de signalisation TGFb/NODAL : Zic2 interagit physiquement avec les protéines SMADs, des récepteurs qui contrôlent la transcription de certains gènes responsables des changements morphologiques durant le développement embryonnaire.

Il s'agit de la première explication de la manière dont la perte de fonction de Zic2 pourrait induire l'holoprosencephalie.

Zic2 mutation causes Holoprosencephaly via disruption of NODAL signalling.
Houtmeyers, Rob; Tchouate Gainkam, Lea Olive; Glanville-Jones, Hannah HA; Van den Bosch, Ben B; Chappell, Anna A; Barratt, Kristen KS; Souopgui, Jacob; Tejpar, Sabine; Arkell, Ruth

Systèmes informatiques "temps réel" plus performants

Vendredi l 08-07-2016

Les systèmes informatiques "temps réel" jouent un rôle important dans notre société : ils sont présents dans les domaines de l'aviation, du transport, des communications multimédias, la robotique, etc. Ces systèmes doivent exécuter plusieurs tâches simultanément, endéans une échéance généralement très courte : par exemple décider d'enclencher le système ABS des roues d'une voiture tout en continuant à mettre à jour les paramètres du tableau de bord. Ils doivent aussi ordonner les calculs par ordre d'importance, pour répondre plus rapidement à une tâche prioritaire. C'est le rôle de l'ordonnanceur, le chef d'orchestre des systèmes temps réel.

Dans une récente publication, Joël Goossens (Département d'informatique, Faculté des Sciences) et son collègue Pascal Richard (de l'Université de Poitiers) présentent une nouvelle théorie de l'ordonnancement. La recherche fondamentale présentée dans cet article prépare les futures générations de système temps réel pour des architectures parallèles -multicœurs— et pour des applications parallèles, c'est-à-dire "multithreads".

Le modèle "Gang" est considéré, il modélise chaque programme informatique sous la forme d'un ensemble de "threads" travaillant à l'unisson sur plusieurs cœurs simultanément afin d'accomplir à temps une tâche du système. En particulier un algorithme d'ordonnancement est présenté pour le modèle "Gang" et ses propriétés pour le temps réel sont démontrées. Cet algorithme possède une propriété remarquable : il est optimal dans la mesure où si au moins une solution existe au problème d'ordonnancement alors l'algorithme proposé fournit une solution.

Optimal Scheduling of Periodic Gang Tasks
par Goossens, Joël, Richard, Pascal
Référence Leibniz transactions on embedded systems, 3, 1, 4, (page 18)
Publication Publié, 2016-06-30


Prix FNRS pour des recherches sur les trypanosomes

Gilles Vanwalleghem recevra en novembre prochain le prix Eugene Yourassowsky pour son travail de thèse, effectué au laboratoire de Parasitologie moléculaire (Faculté des Sciences) sous la tutelle du Pr. Etienne Pays.

Défendue en 2012, la thèse de doctorat de Gilles Vanwalleghem a permis l'identification de trois canaux de transport du chlore chez Trypanosoma brucei, le parasite responsable de la maladie du sommeil. Un de ces canaux semble impliqué dans la destruction du parasite par la protéine humaine de l'immunité innée, ApoL1. Ces travaux ont conduit à une meilleure compréhension du mécanisme de mort cellulaire du parasite par cette protéine. Le travail du chercheur a également mis au jour une nouvelle fonction des adénylates cyclases du parasite : activées lors de la phagocytose, elles réduisent la réponse immunitaire innée de l'hôte. Ceci pourrait expliquer l'expansion de cette famille de protéines chez le parasite, afin d'échapper aux défenses immunitaires à leur encontre.

Décerné par le FNRS tous les quatre ans et dotée de 15.000€, le prix Eugene Yourassowsky récompense une thèse de doctorat réalisée dans le domaine de la microbiologie médicale et les maladies infectieuses. Gilles Vanwalleghem est actuellement chercheur à l'Université de Queensland en Australie.


Gaia: premiers résultats du cartographe de l'espace

L'Agence Spatiale Européenne (ESA) vient de révéler les premiers résultats publics de la mission Gaia. Lancé fin 2013, le satellite a pour but de réaliser une carte 3D de notre Galaxie, en fournissant la distance, la vitesse ainsi que la composition chimique d'un milliard d'étoiles.

L'ESA vient de donner accès à la distance et au mouvement de plus de 2 millions d'étoiles, récoltés par ce cartographe de l'espace. Des données particulièrement intéressantes pour les astrophysiciens, qui se basaient jusqu'à présent sur les distances de "seulement" 118.000 étoiles fournies par Hipparcos, un satellite lancé en 1989 par l'ESA.

"Disposer de la distance d'une étoile permet de directement convertir la quantité de lumière reçue sur Terre en celle émise par l'étoile", expliqueDimitri Pourbaix, chercheur FNRS à l'Institut d'Astronomie et d'Astrophysique (Faculté des Sciences) et représentant belge dans le consortium de réduction des données Gaia, "Les astrophysiciens stellaires (dont ceux de l'ULB) sont donc directement intéressés par cette moisson de distances, mais ce ne sont pas les seuls. Chaque fois qu'une équipe annonce la découverte d'une nouvelle exo-planète dans la zone habitable d'une étoile, cela suppose la connaissance de la distance de cette étoile. Pour l'instant, les astronomes adoptent les distances fournies par Hipparcos et des approximations de distances pour les autres. Depuis ce mercredi, ils disposent de 2 millions de distances précises".

[photo: © ESA-ATG medialab/ESO-S. Brunier]


Master international en études urbaines

Le 5 septembre derniers, les recteurs Didier Viviers (ULB) et Paul De Knop (VUB) ont signé un accord de coopération pour créer ensemble un master en études urbaines. Depuis plus d'un an, les chercheurs et professeurs des deux institutions ont élaboré les lignes de force d'un nouveau et très attractif programme d'études sur la ville. À travers cet accord, les deux recteurs sortants invitent donc leur successeur respectif à poursuivre l'initiative pour lancer au plus tôt ce nouveau programme.

Le futur master vise à attirer à Bruxelles des étudiants internationaux dans le cadre d'un programme interdisciplinaire de très haut niveau. Les deux institutions s'appuieront sur leurs principaux centres de recherches actifs dans le domaine des études urbaines et tireront profit de l'expérience acquise par le très populaire programme Erasmus Mundus 4CITIES (www.4cities.eu).

Du côté de l'ULB, ce programme permettra de fédérer les équipes de recherche disséminée dans différentes facultés, entre autres l'Institut d'urbanisme et d'aménagement du territoire du service BATir (École polytechnique de Bruxelles), l'Institut de gestion de l'environnement et d'aménagement du territoire - IGEAT (Faculté des Sciences) et la Faculté d'Architecture La Cambre-Horta. La collaboration s'étendra même au-delà de ces trois facultés pour les compétences liées à la sociologie, l'histoire, le droit et l'économie afin de développer une offre intégrée et interdisciplinaire de programmes autour de la ville.

Ce projet s'inscrit parfaitement dans la stratégie d'ouverture vers la ville que la nouvelle rectrice de la VUB, Caroline Pauwels et le nouveau recteur de l'ULB, Yvon Englert souhaitent imprimer à leurs institutions respectives.


23 octobre - Solvay Public Event

Le 24ème Conseil de Chimie organisé par les Instituts Solvay se tiendra du 18 au 22 octobre 2016 à Bruxelles et sera consacré au thème de la 'Catalyse en Chimie et en Biologie'. Le conseil sera présidé par les Professeurs Kurt Wüthrich (ETH et San Diego) et Robert Grubbs (Caltech), tous deux lauréats du Prix Nobel de Chimie.

Ce Conseil sera suivi le 23 octobre après-midi par la traditionnelle journée 'grand public' au Studio 4 de Flagey. Le thème en sera : Chemistry for the World of Tomorrow. Durant une courte cérémonie 'Solvay Awards', de brillants étudiants en physique, chimie et ingénieurs de l'ULB et de la VUB, qui se sont distingués par leurs travaux, recevront un prix décerné par le groupe Solvay.

Les exposés seront suivis par une discussion avec un panel composé de scientifiques ayant participé au 23ème Conseil de Chimie. Le public aura l'occasion de poser des questions.

Informations pratiques:

· Dimanche 23 octobre 2016 à 15 - Entrée gratuite

· Flagey Studio 4, Place Ste Croix, 1050 Ixelles

· Traduction simultanée vers le français et le néerlandais

Inscription obligatoire sur www.solvayinstitutes.be


Education aux sciences et à la citoyenneté

À partir de la rentrée 2016, Inforsciences, le département de diffusion des sciences de la Faculté des Sciences, lance un nouveau programme innovant d'éducation aux sciences et à la citoyenneté, à l'attention des classes de 5e et 6e primaire et de 1e et de 2e secondaire de la Région bruxelloise.

En travaillant autour du développement durable, trois thèmes seront proposés: l'alimentation, les déchets et l'énergie.

L'objectif sera de faciliter l'acquisition des connaissances et des compétences par les élèves en explorant, de manière très concrète, le fonctionnement de nos sociétés et le rôle des sciences dans l'évolution de celles-ci au travers de ces trois thématiques.

Inforsciences mettra ainsi une série d'outils pédagogiques inédits à disposition des professeurs participants: des séquences à réaliser en classe, des visites pertinentes, des ateliers expérimentaux à l'ULB...

En outre, un processus de recherche collaborative amènera les élèves à participer à la construction d'une plateforme web destiné au grand public: "la Plateforme DD".

Plus d'information sur http://sciences.ulb.ac.be/dd/

 

Clin d'oeil

A vos agendas !

  • Les activités de l'Expérimentarium de Physique